Igreja dos Capuchos
«Houve naquela cidade (Faro) dois bons casados, cujos nomes eram o do marido Francisco Martins e o da mulher Branca Roloa; eram de limpa geração e nobres por seus bons procedimentos.
Tinham dos bens do mundo a abundância para seu estado e não tendo filhos a quem os deixar, determinaram aplicá-los a alguma obra pia. E como neste tempo se falasse na pretensão que havia de irem nossos frades para aquela terra, pareceu-lhes aos dois casados que nas obras do nosso convento ficariam seus bens bem empregados. Para este fim fizeram ambos um testamento em que logo davam umas formosas casas que com uma grande e proveitosa horta, junto com a mesma cidade, em uma ponta dela tinham.» (Frei Manoel de Monforte, Crónica da Província da Piedade, Lisboa, 1696, p.667).
A primeira pedra foi lançada pelo Bispo D. João Coutinho no dia 15 de outubro de 1620. A igreja era inaugurada dois anos depois, no dia do padroeiro, Santo António.
Como curiosidade aponta-se a listagem de alimentos consumidos pelos frades entre 1718 e 1730: carne de porco, chouriços, toucinho, presuntos, paios, carne de vaca estrangeira, borregos, chibatos, perdizes, coelhos, galinhas, ovos, peixe, bacalhau, trigo, arroz, cevada, grãos, feijões, favas, abóboras, frutas, açúcar, manteiga, queijo flamenco, azeite, vinho, vinagre, aguardente, pimenta, açafrão, cravo da Índia, canela, cominho e tabaco (A.N.T.T., Livro dos gastos do Convento de Santo António de Faro).
Após o encerramento do Colégio da Companhia de Jesus de Faro foram ministradas aulas no Convento dos Capuchos. Até à abertura do Seminário Episcopal aqui funcionou a partir de 1779 uma cadeira de gramática latina tendo o Rei feito mercê de 60$000 réis anuais (Livro de Registo da Câmara de Faro, fl.299 vº).
Após a implantação do Liberalismo as instalações conventuais foram ocupadas pelos militares e mais tarde pela Guarda Nacional Republicana, entretanto a igreja continuou ao culto, tendo sido secularizada com a República. Em 1912 a Câmara Municipal de Faro alugou este templo e aí instalou o Museu Arqueológico Lapidar Infante D. Henrique, tendo-se mantido nesta Igreja até 1969, data em que se transferiu o espólio para as atuais instalações, no antigo Convento das Clarissas de Nossa Senhora da Assunção.
A capela-mor só foi ornamentada nos princípios do século XVIII, tendo-se aplicado soluções exclusivamente portuguesas.
O formulário Barroco foi então usado através da talha dourada e da azulejaria figurativa.
O retábulo principal insere-se na fase «nacional», que vigorou no Algarve entre 1700 e 1735, e segue a tipologia mais frequente na região.
A azulejaria é proveniente de Lisboa, tendo-se recorrido a mestres assistentes em Faro, que definiam o programa decorativo a aplicar, encomendavam os azulejos e os aplicavam posteriormente.
O revestimento em talha do arco triunfal e os dois retábulos colaterais devem ter sido executados pela oficina de Tomé da Costa e Francisco Xavier Guedelhas, no quarto decénio do século XVIII. Por sua vez, o douramento foi realizado em 1747.
De realçar o fato da talha do arco triunfal apresentar nos pedestais vários meninos, sendo uns brancos e outros pretos. Trata-se de uma referência à comunidade de pretos de origem africana existentes nesta cidade desde o século XV e que ao longo dos séculos foi sendo assimilada pelos algarvios através da miscigenação